The Pokémon Company International heeft details over het Delta Episode-verhaal onthuld voor de spellen Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire die geïntroduceerd worden op 28 november 2014. Spelers komen meer te weten over het Delta Episode, met daarin Deoxys en andere verrassingen; de Mirage spots van de regio waarin Legendarische Pokémon zich verborgen houden; en het mysterie van de oude codes die overal in Hoenn verstopt zitten in de nieuwe trailer.
In Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire zit een nieuw verhaal, Delta Episode, dat de geschiedenis vertelt van de regio Hoenn en waarin Trainers moeten proberen de wereld te redden. Het Mossdeep Space Center, een onderzoekscentrum waarin de ruimte en raketwetenschappen worden bestudeerd, ontdekt een reuzenasteroïde die op weg is naar de planeet. Trainers moeten voorkomen dat Team Magma en Team Aqua het centrum aanvallen. Ondertussen borrelt er een gevecht op in de ruimte tussen de huizenhoge Pokémon Rayquaza en de DNA Pokémon Deoxys, een krachtige Pokémon die kan transformeren in vier verschillende verschijningsvormen: Normal Forme, Attack Forme, Defense Forme en Speed Forme. Rayquaza staat voor een dramatische uitdaging die bepalend is voor de toekomst van Hoenn.
Bij het herstellen van de vrede in de regio Hoenn worden de Trainers geholpen door Sootopolis City’s Gym Leader, Wallace, en de Champion van de regio Hoenn, Steven, die allebei geheime manieren hebben om de asteroïde te stoppen. Trainers ontmoeten ook Zinnia, een mysterieus meisje over wie gefluisterd wordt dat zij de sleutel voor het lot van de wereld in handen heeft. Zinnia draagt een Mega Anklet ingelegd met een van de mysterieuze Key Stones, waarmee haar Salamence kan mega-evolueren. Om de Legendarische Pokémon Latias in Pokémon Omega Ruby, of Latios in Pokémon Alpha Sapphire te kunnen vangen, moeten Trainers eerst een Eon Ticket verkrijgen en gebruiken om naar het Zuideiland te gaan. Het ticket kan worden gedeeld met andere spelers door het activeren van StreetPass op BuzzNav. Meer details over de distributie van Eon Tickets in Nederland worden binnenkort bekendgemaakt.
Legendarische Pokémon uit vorige Pokémon-videospellen komen terug in Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire via mysterieuze Mirage spots die rondom Hoenn verschijnen. Bij het verkennen van de Mirage spots met Soar kunnen Trainers een reeks Legendarische Pokémon bevechten en vangen, waaronder Raikou, Entei, Suicune, Uxie, Mesprit, Azelf, Cobalion, Terrakion, Virizion, Tornadus, Thundurus, Landorus, Cresselia en Heatran. Welke Legendarische Pokémon worden gevonden in de Mirage spots is afhankelijk van het spel dat men speelt. Mirage spots zijn niet de enige plekken waar Trainers Legendarische Pokémon kunnen ontmoeten. Regirock, Regice en Registeel, de Legendarische reuzen van de regio Hoenn, keren terug in Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire. Zij kunnen verschijnen nadat Trainers oude boodschappen hebben ontcijferd die overal verspreid in de regio te vinden zijn. Als Trainers al deze drie reuzen hebben gevangen en als aan speciale voorwaarden is voldaan, kunnen Trainers de krachtige Colossal Pokémon Regigigas ontmoeten, die naar verluidt de schepper is van het Legendarische trio.
Trainers kunnen een sterke Pokémon verkrijgen in de speciale demoversie van Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire en deze via Pokémon Link verzenden naar hun volledige Pokémon Omega Ruby of Pokémon Alpha Sapphire spel: Glalie, een Ice-type Pokémon die kan mega-evolueren in de dreigende Mega Glalie. Intussen kunnen bezitters van Pokémon X of Pokémon Y die een heel speciale Mythical Diancie ontvangen, deze overbrengen naar hun Pokémon Omega Ruby of Pokémon Alpha Sapphire spel, en zij kunnen dan de Mega Stone krijgen waarmee Diancie tijdens het vechten kan mega-evolueren. Met Poké Miles en Medals die gewonnen zijn in Pokémon X en Pokémon Y of in Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire kunnen Trainers Mine Cart Adventure spelen, een nieuwe PGL-attractie die van start gaat op 21 november, vooruitlopend op de introductie van Pokémon Omega Ruby en Pokémon Alpha Sapphire op 28 november. In Mine Cart Adventure moeten Trainers met wagentjes over bochtige paden rijden om Berries te verzamelen en allerlei Poké Balls te winnen.
