Metal Gear. Solid Snake. Allebei namen die iedere gamer kent. Namen die veel mooie herinneringen op kunnen roepen. De vele avonturen van (Solid) Snake door de jaren heen, de offers die hij bracht, Big Boss, zijn laatste missie. Stuk voor stuk stonden ze garant voor prachtige momenten. Met Metal Gear Solid V: Ground Zeroes en Metal Gear Solid V: The Phantom Pain aan de horizon kijken wij terug naar wat er voorafging aan deze komende strijd.
Lees voorafgaand het eerste, tweede, derde en vierde deel van deze flashback om het verhaal compleet te krijgen.
Wanneer Snake de achtervolging inzet op Coldman en Peace Walker weet hij hen vlakbij de grens van Nicaragua vinden. Met hulptroepen van Militaires Sans Frontières is hij bereid alles te doen om de vijand te stoppen. Echter blijkt Coldman een troef achter de hand te hebben. Het hoofd van de CIA heeft Paz ontvoerd om de KGB te testen. Hoe ver willen ze gaan om Peace Walker tegen te houden? Het antwoord zal hij nooit weten, Professor Gálvez schiet Coldman neer. Al snel blijkt hij een KGB-agent te zijn die de naam Vladimir Aleksandrovich Zadornov draagt. Hij is een spion van het Kremlin.
Zadornov laat Snake weten dat hij de Peace Walker in wil zetten om een nucleaire bom af te vuren op Cuba. Dit om de VS de schuld te geven van de aanval op de Sovjet-bondgenoot. Een aanval op Cuba is volgens het Kremlin de beste mogelijkheid om het communisme zich te laten verspreiden in heel Latijns-Amerika. Hierdoor zouden de Verenigde Staten haar macht verliezen, inclusief de economische productie en belangrijke handelroutes. Zadornov zegt dat Snake zijn rol perfect heeft gespeeld. Ook hij zal sterven als een martelaar, net zoals Che Guevara dat deed. Militaires Sans Frontières zal zich tegen de VS keren en het startschot geven om alle pro-Amerikaanse regeringen in Latijns-Amerika omver te gooien. Toch lukt het om Zadornov in de boeien te slaan en Paz te bevrijden. De stervende Coldman weet tijdens zijn laatste ademtocht de lancering van Peace Walker te starten. Mother Base, de basis van Militaires Sans Frontières, is nog altijd het doelwit. Daarnaast worden er valse gegevens gestuurd naar NORAD om een nucleaire confrontatie tussen de VS en de Sovjet-Unie uit te lokken. De wereld kan haar laatste dag hebben beleefd.
Het lukt Snake net op tijd om de bureaucraten van Washington in te laten zien dat de data onjuist is. Een grote fout lijkt te zijn voorkomen en het gevecht tussen hem en de Metal Gear begint. Wat hij ook doet, Snake kan de lancering niet stoppen, het signaal blijft actief. Het is uiteindelijk de kunstmatige intelligentie van Peace Walker die de aanval zelf stopt. Het artificiële brein van The Boss geeft gehoor aan de oude idealen van The Philosophers, de idealen waar The Boss voor stierf. Een wereld zonder oorlogen waarin soldaten niet gebruikt worden voor de ideeën van mannen in pakken. Peace Walker stopt zichzelf door te verdrinken en redt de wereld van een complete, nucleaire ondergang. De aarde is gered zonder dat iemand dat ook maar weet.
Snake besluit dat hij zichzelf niet meer laat gebruiken door opdrachtgevers of machtige overheden. Hij wil niet eindigen zoals zijn mentor,The Boss, dat ook deed. Hij zal zijn eigen lot bepalen en wil aangesproken worden als Big Boss. De leider van Militaires Sans Frontières geeft gehoor aan de droom van Gene en creëert plannen voor zijn eigen Army’s Heaven, een militaire staat
waarin niet de bevelhebbers maar de soldaten bepalen wat er gebeurt. Omdat hij beseft dat de soldaten van Militaires Sans Frontières als extremisten beschouwd gaan worden, besluit hij een afschrikkingsmiddel te creëren om de onafhankelijkheid kracht bij te zetten. Big Boss laat Huey Emmerich Metal Gear ZEKE ontwikkelen en wordt erop uitgestuurd om alle nucleaire kernkoppen van Peace Walker terug te krijgen. De voorspelling van Elisa is waarheid geworden.
Het duurt enkele maanden voordat ZEKE ingezet kan worden. In die tijd weet Zadornov vaker dan eens uit de handen van Militaires Sans Frontières te ontsnappen. Hoewel Snake hem uiteindelijk uit weet te schakelen, lijkt het erop dat er een mol zit binnen de militie. Iemand die Zadornov steeds liet ontsnappen. Wanneer Metal Gear ZEKE in handen van Paz valt, het onschuldige meisje, blijkt ze op haar beurt Pacifica Ocean te zijn, een geheim agent van de Cipher-organisatie (behorende tot Zero en The Patriots). Cipher dreigt ZEKE opnieuw in te zetten voor een nucleaire aanval.
The Patriots en Zero willen een eind maken aan de potentiele macht die Big Boss heeft door Militaires Sans Frontières te beschuldigen van een nucleaire aanval op de Verenigde Staten. Snake krijgt de kans om zich aan te sluiten bij Cipher. Een kans die hij laat liggen om ervoor te zorgen dat zijn eigen creatie de vernietiging in gaat. Big Boss vernietigt Metal Gear ZEKE maar Pacifica Ocean weet te ontkomen. Hij weet dat Cipher en The Patriots ooit terug kunnen gaan keren om de genadeslag binnen Militaires Sans Frontières te brengen. Zijn groep heeft een thuisbasis nodig om de weerstand te kunnen bieden. Om de aanval af te slaan. Om te overleven. Met Kaz, Huey en Dr. Strangelove maakt Big Boss de eerste plannen voor zijn eigen natie. Outer Heaven vindt haar oorsprong. De strijd gaat verder in Metal Gear Solid V: Ground Zeroes en The Phantom Pain.
